Marcus Niedermeyr erhielt seine Gesangsausbildung bei Hermann Christian Polster in Leipzig und bei Kurt Widmer in Basel. Seine Vorliebe für den Liedgesang führte ihn zu Norman Shetler und Dietrich Fischer-Dieskau, an der Schola Cantorum Basiliensis studierte er historische Aufführungspraxis bei René Jacobs.

1998 war Marcus Niedermeyr Preisträger des Internationalen Bach-Wettbewerbs in Leipzig und ist seither ein gefragter Sänger mit einem umfangreichen Repertoire von Monteverdi bis in die Gegenwart. Er trat unter Dirigenten wie Jordi Savall, Sigiswald Kuijken, Reinhard Goebel, Michel Corboz, Ton Koopman, Helmuth Rilling, Peter Schreier oder Howard Griffiths als Solist auf und sang mit Cantus Cölln, der Nederlandse Bachvereniging, der Wiener Akademie, dem Thomanerchor Leipzig, dem Kreuzchor Dresden, dem Münchener Bach-Chor, dem Gewandhausorchester Leipzig und der Dresdner Philharmonie.

Marcus Niedermeyr verfolgt zudem eine rege kammermusikalische Tätigkeit, etwa mit dem Schönberg Ensemble Amsterdam oder dem Carmina Quartett Zürich. Mit Christine Schornsheim, Norman Shetler und Gerard Wyss pflegt er ein breitgefächertes Liedrepertoire. Auf der Opernbühne sang er verschiedene Partien seines Faches, darunter Dandini in Rossinis Cenerentola und den Sprecher in Mozarts Zauberflöte. Beim Musik Theater Schönbrunn in Wien war er als Dr. Falke in der Fledermaus von Johann Strauss sowie als Don Alfonso in Mozarts Così fan tutte zu erleben.