Der gebürtige Bayer studierte Gesang bei Hermann Christian Polster an der Hochschule für Musik und Theater Felix Mendelssohn Bartholdy in Leipzig und schloss seine Ausbildung an der Musikakademie in Basel bei Kurt Widmer mit Auszeichnung ab. Seine Vorliebe für den Liedgesang führte ihn in die Klasse von Norman Shetler an der Universität für Musik und darstellende Kunst in Wien sowie zu Dalton Baldwin, Peter Schreier und Dietrich Fischer-Dieskau. Kursen in Barockgesang bei Barbara Schlick folgten vertiefende Studien in historischer Aufführungspraxis bei René Jacobs an der Schola Cantorum Basiliensis. Wichtige gesangstechnische Impulse erhielt er in den letzten Jahren von Hans-Joachim Beyer in Leipzig.

1998 war Marcus Niedermeyr Preisträger des Internationalen Bach-Wettbewerbs in Leipzig. Seither ist er ein europaweit gefragter Sänger mit einem umfangreichen Konzertrepertoire von Monteverdis Marienvesper über die Oratorien und Passionen Bachs und Händels, Mozarts Grabmusik und Requiem, Haydns Schöpfung und Jahreszeiten, Mendelssohns Paulus und dem Deutschen Requiem von Brahms bis zu Werken des 20. Jahrhunderts und Uraufführungen von Martin Derungs oder von Paul Suits.

Rosenmüllers Marienvesper sang er mit Konrad Junghänel und Cantus Cölln, Bachs Messe in h-moll im Wiener Konzerthaus und in Barcelona unter Jordi Savall, das Magnificat mit Peter Schreier, Kantaten unter Ragnar Rasmussen in Norwegen, die Matthäuspassion mit dem Münchener Bach-Chor in der Philharmonie München sowie mit der Wiener Akademie unter Martin Haselböck beim Osterklang in Wien, das Weihnachtsoratorium mit dem Thomanerchor und dem Gewandhausorchester in der Thomaskirche Leipzig, die Matthäuspassion und die Johannespassion mit La Petite Bande unter Sigiswald Kuijken im Amsterdamer Concertgebouw und beim Lucerne Festival, die Messe in h-moll mit der Nederlandse Bachvereniging bei den Tagen alter Musik in Regensburg, die Johannespassion in Padua unter Reinhard Goebel, Händels Karmelitervesper mit Andrew Parrott in Basel, den Messias in der Bearbeitung von Mozart mit dem Ensemble Vocal de Lausanne unter Michel Corboz, Israel in Egypt mit Il Fondamento und Paul Dombrecht in Spanien, Carl Philipp Emanuel Bachs Die Israeliten in der Wüste unter Michael Schoener in St. Michaelis in Hamburg und in der Frauenkirche Dresden, das Magnificat mit Helmuth Rilling, Haydns Harmoniemesse in der Tonhalle Zürich unter Ton Koopman, Beethovens Christus am Ölberg mit Christoph Spering in Oslo, sowie das Deutsche Requiem von Brahms mit dem Dresdner Kreuzchor und der Dresdner Philharmonie in der Kreuzkirche Dresden.

Marcus Niedermeyr verfolgt zudem eine rege kammermusikalische Tätigkeit. Er sang mit dem Schönberg Ensemble Amsterdam Francis Poulencs Le bestiaire sowie die Schweizer Erstaufführung der Neapolitanischen Lieder von Hans Werner Henze. Mit dem renommierten Carmina Quartett Zürich brachte er das selten gespielte Notturno von Othmar Schoeck zur Aufführung. In Zusammenarbeit mit Christine Schornsheim, Norman Shetler, Gerard Wyss, Hendrik Bräunlich, Hans Adolfsen, Sebastian Wienand oder Georges Starobinski pflegt er ein breitgefächertes Liedrepertoire vom Barock bis in die Moderne, mit Schwerpunkt auf den großen Zyklen von Schubert, Schumann, Brahms und Wolf, und gab Liederabende in Wien, Leipzig, Genf, Zürich und Madrid.

Erste Opernengagements führten Marcus Niedermeyr nach Paris, wo er unter Jean- Claude Malgoire in Monteverdis Il ritorno d’Ulisse und in Telemanns Der geduldige Sokrates auftrat. Die Junge Oper der Staatsoper Stuttgart verpflichtete ihn als Mercury in Cupid and Death von Gibbons und Locke und als Don Quichotte in Manuel de Fallas El retablo de Maese Pedro. In Basel sang er den Dandini in Rossinis Cenerentola und den Sprecher in Mozarts Zauberflöte, mit der Pocket Opera Zürich unter Howard Griffiths in The Mikado von Gilbert and Sullivan. Beim Musik Theater Schönbrunn in Wien stand er 2007 und 2008 als Dr. Falke in der Fledermaus von Johann Strauss auf der Bühne, 2010 debütierte er dort als Don Alfonso in Mozarts Così fan tutte.

Zahlreiche Rundfunk- und CD-Aufnahmen dokumentieren die künstlerische Arbeit von Marcus Niedermeyr. Unter den Einspielungen der jüngeren Zeit finden sich Bachs Messe in h-moll und Matthäuspassion mit La Petite Bande und Sigiswald Kuijken, die Weltersteinspielung von Marcos de Portugals Matinas do Natal mit dem Ensemble Turicum, Sufi/Bach – Orient meets Occident mit Burhan Öcal und Howard Griffiths sowie Oskar Nedbals Operette Die Winzerbraut unter Herbert Mogg.